Das Mausohr jagt in Laub- oder Laubmischwäldern mit geringem Unterwuchs.  Große  Käfer und Spinnen sind Hauptbeute und werden häufig direkt am Boden aufgenommen. Außerdem dienen dem Mausohr kurgrasige Wiesen und Weiden sowie frisch abgeerntete Äcker zur Jagd. Die Wochenstuben der Mausohr-Weibchen sind in den allermeisten Fällen auf größeren, warmen Dachböden von Kirchen, Schlössern und anderen großen Gebäuden. Wichtig ist, dass die Standorte frei von Zugluft und Störungen insbesondere Beleuchtung sind. Vereinzelt werden Kellerräume, unterirdische Gänge oder Widerlager von Brücken kolonisiert. Sommerquartiere der Männchen liegen auf Dachböden und Türmen, hinter Fensterläden, in Spalten an Brücken, in Baumhöhlen, Fledermauskästen und in Höhlen. Die Winterquartiere der Tiere sind meist in Höhlen, Stollen, Eiskellern, Bunkeranlagen sowie vereinzelt in Felsspalten. Sie bevorzugen dort relativ warme und luftfeuchte Verstecke.

Verhalten und Fortpflanzung: Paarung: August und September, Wochenstubenzeit: Mai - August, Geburt: Mai - Juli, 1 Jungtier, in Ausnahmefällen schon im Winter, Ausflug der Jungtiere aus dem Quartier: ab der 5. Woche. Mausohren fliegen sehr spät und bei völliger Dunkelheit aus ihren Verstecken aus.

Sonstige Ansprüche: Mausohren besitzen ein ausgeprägtes Wanderverhalten und bewegen sich zwischen den saisonal unterschiedlichen Quartieren über mehrere Kilometer. Ein weit verteiltes Angebot an Sommer- und Winterquartieren ist daher unerlässlich. Als Nahrung bevorzugen sie häufig größere Insekten oder andere Gliedertiere (Großlaufkäfer, Hundertfüßer, Spinnen), weil sie die Beute am Boden nicht mit Echolotung, sondern durch die Raschelgeräusche, die sie verursacht, aufspürt.

• Erhalt bestehender Quartiere und Lebensräume: Von großer Bedeutung ist der Erhalt aller bekannten Gebäudequartiere in Kirchen, Schlössern oder anderen großen Gebäuden für die Wochenstuben der Weibchen. Eine Beleuchtung dieser Quartiere ist nur in Abwesenheit der Tiere (Oktober – März) zulässig. Die Männchen nutzen im Sommer kleinere Dachböden, Gebäudespalten, Baumhöhlen oder Fledermauskästen. Die Winterquartiere in Höhlen, Stollen oder Kellern sind ebenso schützenswert. Besonders wertvoll sind Quartiere, die in großräumigen, unzerschnittenen Lebensräumen liegen und wo eine Förderung von standortgerechten, einheimischen Laubwaldgesellschaften gefördert wird.
  
  Schaffung neuer Quartiere: Es ist ratsam im Umkreis von bereits von vorhandenen
  Sommer- oder Winterquartieren neue Möglichkeiten für Weibchen- und Männchengruppen zu schaffen. Für die Sommerquartiere der Weibchen ist es möglich Dachböden in größeren Gebäuden (z.B. Kirchen) zu öffnen. Für die Sommerquartiere der Männchen ist auch die Öffnung kleinerer Dachböden sinnvoll, außerdem ist das Aufhängen von Nistkästen ratsam. Für die Schaffung von Winterquartieren, sollten kleine Spalten als Einflugöffnung an alten Stollen oder Kellern genügen. Wichtig ist, dass man Fressfeinden den Zugang zu den Quartieren nicht ermöglicht.


• Aufhängen von Nistkästen: Durch das Aufhängen von speziellen Fledermausflachkästen und –steinen kann das Höhlenangebot für die Sommerquartiere der Männchen verbessert werden. Beim Aufhängen ist zu beachten, dass das Einflugöffnung groß genug ist (> 26mm beim Rundloch bzw. >20 mm beim Spalt). Optimal ist die Anbringung verschiedener Kastentypen (Raum-/Spaltenquartiere) in der Nähe von bereits bestehenden Quartieren.

§§ streng geschützt; FFH-RL Anhang II, IV; Rote Liste NRW (2011) „stark gefährdet“

Gefährdung durch:

• Lebensraumzerschneidung durch Straßenbau
  
  
• Zerstörung von Quartieren durch Gebäudesanierung
  


• Schäden durch Pestdizideinsätze in der Landwirtschaft und im Forst bzw. Anreicherung von Umweltgiften


• Einsatz von Holzschutzmitteln im Quartier


• Verlust von Viehweiden; zunehmende intensivierung der Landnutzung in den Jagdhabitaten


• Beleuchtung von Quartieren